Hola Jacevedom, el procedimiento para hacer la migracion no es muy complicado; simplemente tienes que tomar en cuenta lo siguiente:
1. En el servidor de Windows Server 2003 confirmar que el servicio de dns este funcionando bien
2. Insertar el disco de Windows Server 2008 y correr los comandos de preparar la foresta y luego el Active Directory
3. Cuando hayas ejecutado los comando sin problema alguno entonces puedes instalar tu W2K8.
Saludos.